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Changelog

QTLMR v1.7

(更新日期: 2024-09-17)

QTLMR v1.6

(更新日期: 2024-08-25)

QTLMR v1.5

(更新日期: 2024-07-27)

QTLMR v1.4

(更新日期: 2024-07-20)

  • 1.增加函数功能
    • 1.1 增加”MAGMA软件分析”功能：
    • MAGMA_gene_based()函数进行gene-based & gene-set-based关联分析；
    • MAGMA_Tissue_specific()进行交叉组织特异性分析；
    • MAGMA_genes_Manhattanplot()对MAGMA软件gene_based分析结果的基因注释及曼哈顿图绘制；
    • MAGMA_gsa_barplot()用于组织特异性和途径富集分析结果图形可视化。
    • （详细请见 “./QTLMR test/版本升级文件/1.4版本” 文件夹下的示例代码）
    • 1.2 完善”使用UTMOST软件进行跨组织联合TWAS分析”功能：
    • TWAS_UTMOST_cross_tissue_test()函数可将TWAS_UTMOST_single_tissue_test()结果进行跨组织联合分析，依赖的数据下载地址：https://zhaocenter.org/UTMOST。
    • 1.3 增加”数据转换与清洗”功能：
    • format_dat()函数可将读入至R环境变量中的数据转换成标准TwosampleMR、SMR、METAL文件。
    • 1.4 增加”提取原始本地xQTL数据的顺式区域数据”功能：
    • xQTL_cis_dat()函数可将原始的xQTL数据，根据基因编码的起始与终止位置的上下游区域范围内的SNP提取出来，以便进一步使用coloc_GWAS()进行后续的共定位分析，或使用SMR_format_BESD()函数转换成SMR分析所需的BESD二进制数据文件进行SMR分析，完善非R包内置xQTL数据的清洗与转换功能。
    • 1.5 增加”韦恩图绘制”功能：
    • venn_plot()函数绘制韦恩图，示例数据（详细请见 “./QTLMR test/版本升级文件/1.4版本” venn文件夹）。
  • 2.优化R包帮助页面。

QTLMR v1.3

(更新日期: 2024-06-29)

  • 1.增加函数功能：
    • 增加”获取传统药靶基因工具变量”功能；
    • get_Drugs_gene_IVs()函数可从基因靶向的Twosample格式完整GWAS数据文件中提取指定靶基因的工具变量；或指定IEU Open GWAS数据库的id号提取数据，以此为暴露数据进行药靶MR分析。（详细请见 “./QTLMR test/版本升级文件/1.3版本” 文件夹下的示例代码）
  • 2.同步芬兰数据库更新至R11：

QTLMR v1.2

(更新日期: 2024-06-14)

  • 1.增加FOCUS功能：
    • 1.1 TWAS_FOCUS_install()函数配置FOCUS环境需要科学上网，网络不稳定，容易配置失败；建议本地安装，将“./QTLMR test/版本升级文件/1.2版本/FOCUS环境配置/FOCUS.zip”中的FOCUS.zip文件，直接解压到miniconda3安装路径的 “./miniconda3/envs” 文件下；
    • 1.2 TWAS_FOCUS_format_data()函数将GWAS数据转换成FOCUS输入文件；
    • 1.3 TWAS_FOCUS_import() 因FOCUS不能直接使用FUSION的权重数据文件，需要根据FUSION的权重数据文件转换成FOCUS软件识别的.db格式权重数据，此步耗时比较长；
    • 1.4 TWAS_FOCUS_test() 进行TWAS的基因-性状关联信号精细定位分析，ref_ld_dir的输入参数为./QTLMR test/inputdata/LDREF.zip中DREF.zip文件解压后的文件夹路径。此步耗时较长；
    • 详细请见 “./QTLMR test/版本升级文件/1.2版本” 文件夹下的示例代码。
  • 2.函数更新：