使用predixcan软件进行TWAS分析
JTI_predixcan_test.Rd软件官网：https://github.com/hakyimlab/MetaXcan/tree/master
Usage
JTI_predixcan_test(
test_help = FALSE,
GTEX_tissue = "all",
model_db_path = "./JTI",
covariance = "./JTI",
gwas_file = "SNP_gwas_mc_merge_nogc.tbl.uniq",
snp_column = "SNP",
effect_allele_column = "A1",
non_effect_allele_column = "A2",
beta_column = "b",
se_column = "se",
opt_arguments = "--parallel",
FDR_method = "bonferroni",
save_path = "./"
)Arguments
- test_help
是否调阅predixcan.py的帮助文档，默认FALSE。
- GTEX_tissue
GTEx v8组织类型，默认"all"，即对所有组织分析，也可指定组织，如"JTI_Whole_Blood"。
- model_db_path
基因表达补全模型的路径（顺式eQTLs的估计权重/效应值）。
- covariance
包含协方差信息的文件路径（用于估计基因水平效应量估计器的方差，详情见手稿方法部分的基因水平关联测试）。
- gwas_file
GWAS的文件路径。
- snp_column
包含RSID的列名。
- effect_allele_column
包含效应等位基因的列名。
- non_effect_allele_column
包含非效应等位基因的列名。
- beta_column
输入GWAS文件中包含每个SNP效应值的列名。
- se_column
输入GWAS文件中包含每个SNP 标准方差值的列名。
- opt_arguments
predixcan.py的其他命令行参数(设置test_help=TRUE查看)，默认NULL。
- FDR_method
对P值进行FDR矫正方法，"fdr"或"bonferroni"，默认"bonferroni"。
- save_path
文件保存路径。