使用FUSION软件进行TWAS分析
TWAS_fusion_assoc_test.Rd软件官网：http://gusevlab.org/projects/fusion/，使用前请先使用TWAS_Fusion_format_data函数进行数据格式转换。
Usage
TWAS_fusion_assoc_test(
test_help = FALSE,
Sumstatsfile = "PGC2.SCZ.sumstats",
weights = "./WEIGHTS/GTExv8.EUR.Whole_Blood.nofilter.pos",
weights_dir = "./WEIGHTS/",
resource = "GTEx_v8",
ref_ld_chr = "./LDREF/1000G.EUR.",
start_chr = 1,
end_chr = 22,
coloc_pval = NULL,
GWASN = NULL,
perm = 10000,
PANELN = NA,
opt_arguments = NULL,
remove_MHC = TRUE,
Manhtn_plot = TRUE,
Manhtn_pval_sig = NULL,
Manhtn_gene_sig = 10,
FDR_method = "bonferroni",
save_name = "SCZ",
save_path = "./SCZ",
cores = 1
)Arguments
- test_help
是否调阅FUSION软件FUSION.assoc_test的帮助文档，默认FALSE。
- Sumstatsfile
.sumstats.gz格式文件路径。
- weights
权重数据文件，官网可下载。
- weights_dir
权重数据文件所在的文件夹。
- resource
权重数据文件来源，"GTEx_v8"或"other"，默认"GTEx_v8"。
- ref_ld_chr
连锁不平衡的参考数据，下载地址：https://alkesgroup.broadinstitute.org/FUSION/LDREF.tar.bz2。
- start_chr
需要分析的染色体起始序号。
- end_chr
需要分析的染色体终止序号。
- coloc_pval
根据TWAS显著阈值筛选进行共定位分析，默认不进行共定位分析设置：NULL，常规设置为0.05。
- GWASN
GWAS即Sumstatsfile数据的样本量，默认不进行共定位分析设置：NULL。
- perm
设置置换检验次数，默认值是10000。
- PANELN
参考面板的权重数据，默认为NA。
- opt_arguments
FUSION软件FUSION.assoc_test的其他命令行参数(设置test_help = TRUE查看参数)，默认NULL。
- remove_MHC
是否移除MHC区域的SNP。
- Manhtn_plot
是否在当前路径下绘制FUSION结果曼哈顿图。
- Manhtn_pval_sig
曼哈顿图的显著性阈值的虚线所在Y轴的位置，默认NULL时设置为"bonferroni"矫正的阈值，可自定义显著性阈值。
- Manhtn_gene_sig
曼哈顿图中使用标签标记基因的数量，默认标记前10个基因，如果填"all"，则标记所有显著基因。
- FDR_method
对TWAS.P值进行FDR矫正方法，"fdr"或"bonferroni"，默认"bonferroni"，若填NULL则不进行FDR矫正。
- save_name
保存文件的文件名称。
- save_path
文件保存路径。
- cores
并行运算电脑的线程数。