在线或本地读取IEU数据库.VCF文件转换为标准TwosampleMR、SMR、METAL、MTAG分析文件
format_data_IEU_VCF.Rd在线或本地读取IEU数据库.VCF文件转换为标准TwosampleMR、SMR、METAL、MTAG分析文件
Usage
format_data_IEU_VCF(
IEU_VCF = "eqtl-a-ENSG00000000457",
type = "outcome",
Twosample_dat = TRUE,
SMR_dat = TRUE,
MTAG_dat = TRUE,
METAL_dat = TRUE,
VCF_dat = FALSE,
save_path = "./"
)Arguments
- IEU_VCF
IEU数据库的id号或.VCF本地文件路径。
- type
Twosample数据类型，"exposure"或"outcome"，默认为"outcome"。
- Twosample_dat
TRUE或FALSE，是否保存TwosampleMR数据文件，默认为TRUE。
- SMR_dat
TRUE或FALSE，是否保存SMR数据文件，默认为TRUE。
- MTAG_dat
TRUE或FALSE，是否保存MTAG分析输入数据文件，默认为TRUE。
- METAL_dat
TRUE或FALSE，是否保存metal分析输入数据文件，默认为TRUE。
- VCF_dat
TRUE或FALSE，若在线获取，是否保存原始.VCF文件文件，默认为FALSE。
- save_path
指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。