使用FUSION软件进行Joint/conditional分析
TWAS_fusion_conditonal_test.Rd软件官网：http://gusevlab.org/projects/fusion/。
Usage
TWAS_fusion_conditonal_test(
test_help = FALSE,
Sumstatsfile = "PGC2.SCZ.sumstats",
inputfile = "./SCZ/SCZ_sig.dat",
ref_ld_chr = "./LDREF/1000G.EUR.",
start_chr = 1,
end_chr = 22,
locus_win_kb = 1000,
build = 38,
plot_legend = "all",
opt_arguments = NULL,
save_name = "SCZ",
save_path = "./SCZ/conditional",
cores = 2
)Arguments
- test_help
是否调阅FUSION软件FUSION.post_process的帮助文档，默认FALSE。
- Sumstatsfile
.sumstats.gz格式文件路径。
- inputfile
TWAS_fusion_assoc_test分析生成的"XXX_sig.dat"文件路径。
- ref_ld_chr
连锁不平衡的参考数据，下载地址：https://alkesgroup.broadinstitute.org/FUSION/LDREF.tar.bz2。
- start_chr
需要分析的染色体起始序号。
- end_chr
需要分析的染色体终止序号。
- locus_win_kb
区域图的kb值大小，默认1000kb，即1000000bp。
- build
37或38，人类参考基因组版本，默认38。
- plot_legend
添加图例的类型，"all"或"joint"，默认"all"。
- opt_arguments
FUSION软件FUSION.post_process的其他命令行参数(设置test_help = TRUE查看参数)，默认NULL。
- save_name
保存文件的文件名称。
- save_path
文件保存路径。
- cores
并行运算电脑的线程数。