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使用METAL软件对GWAS进行meta分析

METAL_gwas.Rd

windows系统下使用METAL软件对全基因组关联研究(GWAS)数据进行META分析，电脑内存小容易运行崩溃。

Usage

METAL_gwas(
  GWASfile = c("./dat1.txt", "./dat1.txt"),
  SEPARATOR = "TAB",
  snp_col = "SNP",
  effect_allele_col = "effect_allele",
  other_allele_col = "other_allele",
  beta_col = "beta",
  se_col = "se",
  pval_col = "pval",
  eaf_col = "eaf",
  samplesize_col = "N",
  chr_col = NULL,
  pos_col = NULL,
  analysis_method = "SE",
  IVW_mode = "Multiplicative",
  Genomic_Control_Correction = TRUE,
  Average_FREQ = TRUE,
  Heterogeneity = TRUE,
  Sample_Overlap_Correction = TRUE,
  OVERLAP_ZCUTOFF = 1,
  Filter_MAF = NULL,
  Filter_N = NULL,
  Filter_SNPs = NULL,
  save_path = "./",
  save_name = "METAANALYSIS"
)

Arguments

GWASfile

包含一个或多个GWAS数据文件的路径。

SEPARATOR

指定数据文件中列之间的分隔符，默认为"TAB"。

snp_col

SNP列的名称。

effect_allele_col

效应等位基因列的名称。

other_allele_col

次要等位基因列的名称。

beta_col

β值列的名称。

se_col

标准误差列的名称。

pval_col

P值列的名称。

eaf_col

效应等位基因频率列的名称。

samplesize_col

样本量列的名称。

chr_col

染色体列的名称，默认为NULL，输入数据为GRCH38(hg38)或GRCH37(hg19)相同版本时填写，否则合并错误。

pos_col

坐标列的名称，默认为NULL，输入数据为GRCH38(hg38)或GRCH37(hg19)相同版本时填写，否则合并错误。

analysis_method

"SE"或"samplesize"，SE表示逆方差加权法-IVW，samplesize表示基于样本量加权。

IVW_mode

逆方差加权法-IVW分析模式，固定效应模型:"Fixed"，随机效应模型:"Multiplicative"或"Additive"。

Genomic_Control_Correction

逻辑值，是否进行基因组控制校正，默认为TRUE。

Average_FREQ

TRUE或FALSE，是否计算平均频率，默认为TRUE。

Heterogeneity

TRUE或FALSE，是否进行异质性分析，默认为TRUE。

Sample_Overlap_Correction

TRUE或FALSE，是否进行样本重叠校正，默认为TRUE。

OVERLAP_ZCUTOFF

数值，样本重叠校正的Z截断值，默认为1。

Filter_MAF

数值，次要等位基因频率过滤值，默认为NULL。

Filter_N

数值，样本大小过滤值，默认为NULL。

Filter_SNPs

字符向量，需要过滤的SNP，默认为NULL。

save_path

分析结果保存路径，默认为"./"。

save_name

分析结果文件名，默认为"METAANALYSIS"。

Value

无返回值，将执行GWAS分析并将结果保存到指定路径。

Examples

METAL_gwas(GWASfile = c("./data1.txt", "./data2.txt"),
           SEPARATOR = "TAB",
           snp_col = "SNP",
           effect_allele_col = "effect_allele",
           other_allele_col = "other_allele",
           beta_col = "beta",
           se_col = "se",
           pval_col = "pval",
           eaf_col = "eaf",
           samplesize_col = "N",
           chr_col = "chr",
           pos_col = "pos",
           analysis_method = "SE",
           IVW_mode = "Multiplicative",
           Genomic_Control_Correction = TRUE,
           Average_FREQ = TRUE,
           Heterogeneity = TRUE,
           Sample_Overlap_Correction = TRUE,
           OVERLAP_ZCUTOFF = 1,
           Filter_MAF = NULL,
           Filter_N = NULL,
           Filter_SNPs = NULL,
           save_path = "./",
           save_name = "MetaAnalysis")
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#> 注意:文件路径不能含中文字符，否则报错！