使用liftover转换GWAS数据的基因组版本 — GWAS_liftover • QTLMR

以下需修改参数4个，其余参数详见函数MungeSumstats::liftover。

Usage

GWAS_liftover(
  GWAS,
  build_from = "hg38",
  build_to = "hg19",
  save_path = NULL,
  chain_source = "ensembl",
  imputation_ind = FALSE,
  chrom_col = "CHR",
  start_col = "BP",
  as_granges = FALSE,
  style = "NCBI",
  verbose = TRUE
)

Arguments

GWAS: 环境变量中的GWAS数据。
build_from: GWAS数据的版本GRCh38/hg38或GRCh37/hg19。
build_to: GWAS数据的版本GRCh38/hg38或GRCh37/hg19。
save_path: 分析结果保存路径，默认为"./"。

Value

data